სამი ალაზნის ბიოსფერული რეზერვატი კავკასიის ბიომრავალფეროვნების ცხელი წერტილის ნაწილია. თავად კავკასიის რეგიონი ერთ-ერთია მსოფლიოს 34 გლობალური ბიომრავალფეროვნების ცხელი წერტილიდან და გამოირჩევა სახეობათა სიმდიდრით, რომელიც ორჯერ აღემატება ევროპისა და აზიის მეზობელი ზომიერი კლიმატის ტყეების მრავალფეროვნებას.

ბიოსფერული რეზერვატის ტერიტორიაზე გვხვდება მცენარეული საფარის მრავალი ტიპი, დაწყებული ჭალის და მთის ტყეებიდან (თელის სახეობები, წაბლი, მუხა, არყი, ფიჭვი) და დამთავრებული სუბალპური ბუჩქნარებით (ღვია, დეკა), ალპური მდელოებითა და სუბნივალური მცენარეულობით. ბაწარას ნაკრძალში კი დაცულია ურთხმელის ხელუხლებელი ბუნებრივი ტყეები.

აქაური ფაუნაც გამორჩეულად მდიდარია და მოიცავს:

• 71 სახეობის ძუძუმწოვარს;
• 182 სახეობის ფრინველს;
• 17 სახეობის რეპტილიას;
• 7 სახეობის ამფიბიას;
• 26 სახეობის თევზს.

ძუძუმწოვრებიდან ფართოდ არის გავრცელებული აღმოსავლეთ კავკასიური ჯიხვი, ნიამორი, არჩვი, ირემი და რამდენიმე ენდემური სახეობა. მსხვილ მტაცებლებს შორის აღსანიშნავია დათვი, მგელი და ფოცხვერი. ფრინველთა შორის გვხვდება ენდემური როჭო და ჩიბუხა. ასევე ბევრია მტაცებელი ფრინველი, მათ შორის საქართველოს წითელ ნუსხაში შეტანილი ორბი, სვავი, ბატკანძერი და მთის არწივი.

რეზერვატი მდიდარია აგრობიომრავალფეროვნებითაც. აქ დღემდეა შენარჩუნებული ადგილობრივი, იშვიათი ჯიშები, როგორებიცაა:

• ქერშველი ქერი – ტრადიციული ადგილობრივი კულტურა;
• თუშური ცხენი – გამძლე მთის ჯიში;
• თუშური ცხვარი – დაფასებული მაღალი ხარისხის მატყლისთვის;
• ქართული ნაგაზი – საქონლის ერთგული მცველი.

აგრეთვე, აღსანიშნავია, რომ სამი ალაზნის ბისფერული რეზერვატის სოფელ არგოხში და მაღრაანში მდებარეობს ვაზის ენდემური ჯიშების — ქისისა და ხიხვის — მიკროზონები.

სამი ალაზნის ბიოსფერული რეზერვატი მოიცავს რამდენიმე მნიშვნელოვან დაცულ ტერიტორიას: თუშეთის სახელმწიფო ნაკრძალს, თუშეთის ეროვნულ პარკს, თუშეთის დაცულ ლანდშაფტს, ბაბანეურის სახელმწიფო ნაკრძალს, ბაწარის ბუნებრივი ნაკრძალსა და ილტოს აღკვეთილს.

გარდა ამისა, რეზერვატის ტერიტორიის მნიშვნელოვანი ნაწილი ევროპული მნიშვნელობის მქონე ეკოლოგიური ქსელის - „ზურმუხტის ქსელის“- შემადგენლობაში შედის. ეს ქსელი მიზნად ისახავს ველური ფაუნისა და ფლორის საერთაშორისოდ მნიშვნელოვანი სახეობებისა და მათი ჰაბიტატების გრძელვადიან დაცვას.